Il y a seulement vingt ans, les bactéries étaient considérées comme des ennemis à éradiquer. Aujourd’hui, la science sait que les humains ne sont pas de simples organismes isolés, mais des écosystèmes entiers. Notre corps abrite environ 39 000 milliards de microbes – bactéries, virus et champignons –, plus nombreux que nos propres cellules. Ce microbiome joue un rôle clé dans la digestion, l’immunité, l’humeur et même le comportement.
L’intestin est le principal foyer du microbiome. Il abrite des milliers d’espèces bactériennes qui contribuent à la dégradation des fibres, à la synthèse des vitamines (K, B12), au développement du système immunitaire et à la protection contre les agents pathogènes. Un déséquilibre (dysbiose) est lié à l’obésité, au diabète, à l’autisme, à la dépression et même à la maladie de Parkinson.
Le Projet Microbiome Humain (2007-2016) a cartographié pour la première fois le microbiome d’un être humain en bonne santé. Il s’avère que chacun de nous possède une « empreinte microbienne » unique, formée dès la naissance et influencée par la génétique, l’alimentation, le lieu de résidence et même les animaux de compagnie.
L’alimentation est le principal régulateur du microbiome. Les fibres des légumes et des céréales complètes nourrissent les bactéries bénéfiques (prébiotiques). Les aliments fermentés (kéfir, choucroute, kimchi) contiennent des cultures vivantes (probiotiques). À l’inverse, le sucre, les graisses et les antibiotiques détruisent la diversité microbienne, provoquant inflammation et maladies chroniques.
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